学校前身是1926年始创于上海的东南医科大学,1949年响应中共中央华东局“面向农村,走向内地”的号召,内迁安徽怀远。1952年定址合肥,改名安徽医学院。1985年更名安徽医科大学。作为安徽医药高等教育的发源地,学校始终是安徽省高等医学教育事业和卫生健康事业的开创者、孕育者和引领者。
学校拥有4个博士学位授权一级学科点,40个博士学位授权二级学科;有13个硕士学位授权一级学科,71个硕士学位授权二级学科。临床医学、药理学和毒理学、分子生物学与遗传学、生物与生物化学、免疫学、神经科学与行为学、社会科学总论等7个学科进入ESI全球排名前1%。
学校有第一附属医院、第二附属医院、第四附属医院、附属口腔医院、附属巢湖医院、附属阜阳医院、附属宿州医院、附属海螺医院、附属安庆第一人民医院、附属阜阳人民医院、附属亳州医院等12所直属附属医院,非直属附属医院8所。